A maioria dos sobrenomes presentes no Brasil são de origem portuguesa ou espanhola. Isso se dá pelo fato de a história do país em geral ser completamente ligada à cultura da Espanha e Portugual. Com o sobrenome Moraes não é diferente, pois há relatos que confirmam sua existência, inclusive, em ambos os países.
Não se sabe ao certo em qual país ele surgiu primeiro, mas o sobrenome Moraes pode ser considerado um toponímico, ou seja, de origem geográfica. Esta é uma origem bastante comum para sobrenomes, juntamente com a patronímica, que é de origem de nome próprio do fundador do tronco familiar.
Das regiões onde supostamente surgiu o sobrenome, podemos destacar Morais (Trás-os-Montes, Portugal ou de Morales, na Espanha. Ambas as regiões possuem famílias em que os integrantes incialmente foram reconhecidos como "Fulano de Morais" ou "Fulano de Morales".
Ao que se sabe, a grafia do sobrenome surgiu através da árvore amoreira, que deu nome a região que posteriormente virou sobrenome. No entanto, esta informação é de veracidade ainda desconhecida por historiadores.